De medezeggenschapsraad (MR) behartigt de belangen van met name de leerlingen, maar ook van de het personeel (en ouders). Deze raad bestaat uit 2 ouders en 2 teamleden en wordt door middel van openbare verkiezingen gekozen voor een termijn van 3 jaar. De directie is adviserend lid. De MR mag over vele zaken gevraagd en ongevraagd advies uitbrengen, bijvoorbeeld over de regeling van schoolvakanties. In andere gevallen wordt de MR om instemming gevraagd, bijvoorbeeld bij het aanpassen van de schoolgids. De MR vergadert ca. 8 keer per jaar. De vergaderingen vinden plaats op school en zijn in principe openbaar. Soms zijn er agendapunten die niet in het openbaar besproken kunnen worden. Deze punten worden dan na het openbare gedeelte behandeld. De overkoepelende raad van VPCO Eerbeek is de Gemeenschappelijke Medezeggenschapsraad (GMR), hier zitten leden van beide scholen in.
